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本尊薬師如来を安置する、薬王寺の中心をなす御堂です。
江戸中期頃の移築とされていますが、詳しい来歴はわかっておりません。
本尊薬師如来は秘仏とされ、本堂の正面に当たる内陣の内に安置されております。
三十年に一度その封印を解き、お姿を拝見することができます。近年には西暦１９９６年に開かれ、次回は２０２６年を予定しております（外部リンク）。
太平洋戦争中は疎開児童の教室兼宿舎として利用され、戦後は保育所（現在の今井保育園）としても使われました。
報恩院の名称は、22世住職・光史僧正により名付けられました。